Die Hochschulleitung setzt sich aus dem Präsidenten, der Kanzlerin/dem Kanzler und den beiden Vizepräsidenten zusammen. Sie führt die laufenden Geschäfte der Hochschule und entscheidet über die Verteilung der der Hochschule zugewiesenen Stellen und Mittel.

Der Präsident vertritt die Hochschule nach außen. Er gibt Initiativen zur Entwicklung der Hochschule und entwirft die Grundzüge der hochschulpolitischen Zielsetzungen. Der Präsident ist Dienstvorgesetzter der an der Hochschule tätigen wissenschaftlichen und künstlerischen Beamten und Beamtinnen sowie der Arbeitnehmerinnen und Arbeitnehmern, die im Dienst des Freistaats Bayern stehen, sowie der Kanzlerin bzw. des Kanzlers.

Zwei Vizepräsidenten unterstützen den Präsidenten bei der Leitung der Hochschule. Sie bekleiden dieses Amt zusätzlich zu ihrer ermäßigten Lehrverpflichtung.

Die Kanzlerin ist Leiterin der Hochschulverwaltung, Beauftragte für den Haushalt und Dienstvorgesetzte des nichtkünstlerischen oder nichtwissenschaftlichen Personals.